El CIESAS cuenta con siete colecciones editoriales cuyo objetivo es concentrar las publicaciones, ya sea por tema o por zona geográfica.

Publicaciones de La Casa Chata, Biblioteca del Agua, Clásicos y Contemporáneos en Antropología, Colección Huasteca, Colección Peninsular, Colección CIESAS Occidente e Historia de los pueblos indígenas de México, son las colecciones que abarcan las diversas líneas de investigación del Centro.