Fue fundado en septiembre de 1973 por Gonzalo Aguirre Beltrán, Guillermo Bonfil y Ángel Palerm como Centro de Investigaciones Superiores del Instituto Nacional de Antropología e Historia (CISINAH). En 1980 se reestructuró como Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS).
Fue concebido para ser un centro dedicado al estudio de los problemas sociales apremiantes del país, dirigir su mirada algunas áreas poco atendidas por la antropología mexicana, la etnohistoria y la lingüística, teniendo como plataforma principal la investigación básica, así como formar especialistas y coadyuvar a la producción científica.
El 11 de septiembre de 2000 mediante acuerdo presidencial el Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social fue reconocido como Centro Público de Investigación por la Secretaría Educación Pública y el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología. A través del decreto presidencial publicado en el Diario Oficial de la Federación el día 14 de abril de 2003, el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología se convierte como una entidad coordinadora del sector ciencia y tecnología en lugar de la Secretaría de Educación Pública.
El 13 de octubre de 2006, mediante decreto presidencial publicado en el Diario Oficial de la Federación, el Centro se restructura como resultado de La Ley de Ciencia y Tecnología para que los Centros Públicos de Investigación actualizarán sus instrumentos de creación.
La institución forma parte del Sistema de Centros Conacyt. Desde la década de 1990, en forma gradual, han sido creadas siete Unidades Regionales desconcentradas, en las que se realiza investigación y formación especializada: Ciudad de México (CDMX), Golfo (Xalapa, Veracruz), Occidente (Guadalajara, Jalisco), Pacífico Sur (Oaxaca, Oaxaca), Sureste (San Cristóbal de las Casas, Chiapas), Peninsular (Mérida, Yucatán) y Noreste (Monterrey, Nuevo León).
Cuenta con tres laboratorios: Audiovisual, Sistemas de Información Geográfica y el de Lengua y Cultura “Víctor Franco”. A estos se suma el Centro de Contraloría Social y Estudios de la Construcción Democrática. Además participa en once Cátedras: Elisée Reclus, Ángel Palerm, Arturo Warman, Gonzalo Aguirre Beltrán, Roberto Cardoso de Oliveira, Jorge Alonso, Friedrich Katz, Guillermo de la Peña, Jan de Vos, UNESCO y Marcela Lagarde y de los Ríos.
A lo largo de estas cuatro décadas de fructífera existencia, el CIESAS ha tenido ocho Directores y tres Directoras Generales: Ángel Palerm (1973-1976), Guillermo Bonfil (1976-1980), Henrique González Casanova (1980-1982), Eduardo Matos (1983-1986), Leonel Durán (1986-1989), Teresa Rojas Rabiela (1990-1996), Rafael Loyola Díaz (1996-2004), Virginia García Acosta (2004-2014), Agustín Escobar Latapí (2014-2019), Fernando Salmerón Castro (2019-2020) y América Molina del Villar (2020).