El personal que integra la planta académica de la institución realiza investigación de calidad, de frontera, desde una perspectiva multidisciplinaria en las ciencias sociales y las humanidades, con rigor científico y pertinencia social. Las virtudes que caracterizan esta labor se fundamentan en una serie de condiciones que han caracterizado la actividad académica de la institución: la libertad para llevar a cabo el trabajo, las posibilidades de interacción con profesionales de dentro y fuera de la institución mediante seminarios permanentes y eventos académicos en los que participan regularmente, la flexibilidad para redefinir sus líneas de trabajo para ajustarse al contexto, a la posibilidades de colaboración con otros grupos de investigación y nuevas necesidades de conocimiento, y la membresía en un gran número de redes académicas con participantes nacionales e internacionales.

Las investigaciones realizadas se agrupan en 17 líneas de investigación.

Ambiente y Sociedad
Antropología e Historia de la Religión
Antropología e Historia de la Ciencia
Antropología e Historia de la Educación
Antropología e Historia de los Desastres
Antropología Económica
Antropología Jurídica y Derechos Humanos
Antropología Médica
Antropología Urbana y del Trabajo
Antropología y Demografía
Antropología y Estudios Políticos
Cultura e Ideología
Epigrafía y Análisis de Fuentes
Estudios del Lenguaje
Etnohistoria
Historia Económica y Social
Relaciones Étnicas e Identidades Comunitarias