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Ubicada en Mérida, Yucatán
Su objetivo es extender el campo de investigación de la institución a la península de Yucatán. La extensa zona que el programa se propone abarcar contempla Tabasco, el Petén, Belice y el área del Caribe, teniendo presentes los estrechos vínculos históricos que ha mantenido con el resto del área maya. Intereses temáticos: transformaciones y persistencias de las sociedades indígenas en la península de Yucatán; desarrollo regional de la población indígena; el Caribe mexicano; desarrollo turístico; la metropolización de Mérida; misiones culturales; sociedad indígena y desastres; memoria virtual de Yucatán.